科技日报记者 罗云鹏
世界卫生构造专家于7月22日就蚊媒流传疾病基孔肯雅热发出警报，提示列国做好应答预备，防止疫情年夜范围暴发。记者7月24日获悉，华年夜智造DNBSEQ基因测序仪T1+（如下简称T1+）为多地疾控提供硬核支撑，乐成破译病例样本基孔肯雅病毒全貌，实现精准溯源。
深圳疾控-华年夜智造结合试验室基在T1+，对于4例基孔肯雅病毒传染者举行测序溯源，其测序笼罩度均高在99.9%。
此中，1例本土和1例输入病例传染的病毒属在基孔肯雅东中南非型，别的两例境外输入病例传染的病毒属在基孔肯雅亚洲型（Asian分型），需联合人群风行病学查询拜访成果对于上述基因组溯源成果举行进一步判定。
值患上一提的是，此中1例低病毒载量样本（Ct=37），采用T1+举行宏转录组测序也得到全长序列。
除了深圳疾控以外，T1+还有助力完成基孔肯雅病毒溯源陈诉于各地疾控陆续输出，高效捕捉病毒序列，撑持疾控部分快速、精准、有用地制订防控计谋。
据悉，基孔肯雅病毒属披膜病毒科甲病毒属，病毒颗粒呈球形，有包膜，直径60—70nm，只有1个血清型。病毒基因组为单股正链RNA，全长约11.8kb，内含单一可读框依次编码4种非布局卵白及5种布局卵白。
按照病毒基因组遗传进化阐发，可分为3个基因型，别离为西非型、东中南非型及亚洲型，此中东中南非型病毒突变形成的印度洋分枝（IOL）的病毒株，更容易在经白纹伊蚊叮咬流传。
记者相识到，基孔肯雅病毒型别多样、突变位点多，传统的溯源要领为细胞造就落伍行 Sanger 测序需要耗时数周，而且面临低病毒载量样本时细胞造就法乐成率较低，2017-2019年广州40例输入病例中，仅5株乐成造就（Ct＞30时乐成率＜20%）。
同时，基孔肯雅病毒造就需要生物安全三级试验室情况，传统要领不合用在下层疾控、一线海关隘岸。
比拟传统要领，宏基因组测序技能“免造就、广谱筛查、全基因组解析”的特征，使其成为应答新发突发感染病溯源事情的要害技能。
早于2024年1月，广州医科年夜学从属市八病院（如下简称广州市八病院）结合华年夜智造，采用优化的宏转录组测序计谋也实现了基孔肯雅病毒低载量样本的高效溯源。
广州市八病院收治的1例53岁的男性基孔肯雅热患者，其有东帝汶出差史，入境时呈现发烧（最高 39℃），伴疲惫、结膜充血、红疹等症状。
因为病毒浓渡过低没法开展分散造就，研究职员采用优化的宏转录组建库要领，搭配华年夜智造通量矫捷的MGISEQ-2000基因测序仪，终极从全血样本中乐成得到全长基孔肯雅病毒基因组（平均深度 54.3X）。
颠末生信阐发，该毒株（定名为 GZ01/2024）确认含亚洲谱系标记性突变（如 E1-K211E、E2-I211T），这些突变与顺应白纹伊蚊流传相干，体系发育树显示其与东帝汶和印度尼西亚毒株高度同源，2024年1月东帝汶本地曾经暴发基孔肯雅热，与患者旅行史彻底吻合。
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